Der Lazarus-Orden geht aus der monastischen Spitalsbruderschaft des Heiligen Lazarus hervor, die vor den Stadtmauern Jerusalems ein Leprosen-Hospital aus dem 4. Jahrhundert betreibt. Die Spitalsbruderschaft der Lazariter Brüder ist seit dem 6. Jahrhundert belegt. Der Wandel zur ritterlichen Ordensgemeinschaft vollzieht sich in den Jahrzehnten nach der Eroberung Jerusalems durch die Kreuzfahrer im Jahr 1099. Ein genaues Jahr ist nicht überliefert. Im Kampf um das Heilige Land entsteht der militärische Charakter des Ordens, der das ursprünglich hospitalische Wesen ergänzt.
Nach dem Verlust des Heiligen Landes verlagert sich die Tätigkeit des Ordens nach Europa. Die Gunst der Päpste und der französischen Könige sowie anderer Herrscher ermöglichen dem Orden die Gründung zahlreicher Niederlassungen und Expansion bis in das 16. Jahrhundert. In Frankreich führt das königliche Protektorat über den Orden zur besonderen Blüte.
Militärische Aktivitäten enden in dieser Zeit fast gänzlich. Der Orden bleibt seinem hospitalischen Auftrag allein verpflichtet und entfaltet umfangreiches mildtätiges Wirken.
So betreuten in Österreich seit dem Jahr 1257 die Ritter und Fratres des Lazarus-Ordens Aussätzige und Kranke in ordenseigenen Hospizen an mehreren Orten. Im Jahr 1785 erfolgt mit den Reformen Kaiser Joseph II. auch die Aufhebung des Lazarus-Ordens in Österreich. Damit endet die alte Geschichte des Ordens hierzulande.

Andernorts beginnt mit der Reformation der allmähliche Niedergang, dem der Orden nur in Frankreich entgeht. Im Jahr 1608 erfolgt die Verbindung des Lazarus-Ordens mit dem Orden unserer Lieben Frau vom Berg Carmel als Doppelorden unter demselben Großmeister – sie dauert bis 1779 an. Als bedeutsame Institution Frankreichs prosperiert der Orden unter Protektorat und Wohlwollen der Könige.
Die französischen Revolutionen 1789 und 1830 schwächen den Orden jedoch existenziell und führen in eine verdunkelte Epoche – besonders als der exilierte König Henri V. als letzter erblicher Protektor 1883 in Österreich stirbt.
Der Orden wird 1910 wieder merklich aktiv. Diese neue Ära, die in Frankreich beginnt, bringt verhaltenes Wachstum und Rückschläge infolge der Weltkriege. Danach entfaltet der Orden seine Präsenz in Europa, besonders ab 1960. Im Zuge dieser Entwicklung kehrt der Lazarus-Orden auch nach Österreich zurück und nimmt sein hospitalisches Wirken auf. Im Jahr 1977 wird dem Großpriorat Österreich die kirchliche Wiedererrichtung durch Seine Eminenz Franz Kardinal König zuteil.