In der Struktur seiner internen Organisation existieren im Lazarus-Orden zwei Stände – der Ritterstand, sowie der Stand der Affiliierten.
Dem Ersten Stand gehören alle Ordensritter, der Ordensklerus und die Ordensdamen an. Sie legen ein religiöses Versprechen, Promess genannt, vor Gott und dem Oberen ab, in dem sie sich lebenslang in Gehorsam dem Orden, seinem Charisma, sowie zu einer beispielhaften christlichen Lebensführung in allen Bereichen verpflichten. Sie gehören vorrangig der römisch-katholischen oder einer unierten Kirche an.
Der Zweite Stand umfasst alle affiliierten Fratres und Sorores. Sie legen kein religiöses Versprechen ab, verpflichten sich aber in öffentlicher Erklärung zum Gehorsam gegenüber dem Orden und sein Charisma tätig zu unterstützen, sowie zu einer beispielhaften christlichen Lebensführung in allen Bereichen verpflichten. Sie gehören vorrangig der römisch-katholischen oder einer unierten Kirche an.
In Ausnahme können Angehörige einer anderen christlichen Kirche, die auf dem Fundament des Nicäno-Konstantinopolitanums gründet, in beide Stände berufen werden.
Außerhalb der beiden genannten Stände können Persönlichkeiten im Institut der Compagnons – dem Orden assoziiert werden. In diesem vereint der Lazarus-Orden ausgewählte Nicht-Katholiken, die sich dem karitativen Wirken des Ordens verpflichtet fühlen und dies durch langjähriges herausragendes Wirken bewiesen haben.

In der Struktur seiner territorialen Organisation sind dem Lazarus-Orden im Großpriorat von Österreich derzeit drei Ordenskommenden angeschlossen. Sie stellen die traditionelle Form einer Ordensniederlassung dar und werden jeweils durch einen Komtur verwaltet.
Gegenwärtig bestehen die Kommende Heiliger Florian in Oberösterreich, die Kommende Heiliger Leopold in Niederösterreich, sowie die Kommende Lilienfelderhof als Ordensniederlassung des Lazarus-Ordens außerhalb Wiens.